Struktura návrhu rozpočtu vycházela z několika priorit:
- Zachování stávajícího objemu finančních prostředků v oblasti dopravy. Železniční obslužnost financuje kraj plně. Autobusovou dopravní obslužnost by měly v rámci určité solidarity a motivace spolufinancovat obce dílem, který neohrozí jejich rozpočet. Výdaje na akce (investiční a neinvestiční) jsou postaveny, v souladu se skutečností, že oblast dopravy je prioritou Plzeňského kraje, na maximální možné úrovni vzhledem k možnostem financování kraje, a to ve výši 350 mil. Kč bez projektů kofinancovaných EU. Vedle průtahů v obcích se chce kraj v roce 2006 také zaměřit na plošné opravy komunikací i mimo tyto úseky.
- Výdaje na projekty EU, a to jak individuální projekty, tak i kofinancování a předfinancování grantových schémat vypsaných v rámci společného regionálního operačního programu. Pro tyto účely je v oblasti ostatní financování vyčleněna souhrnná částka 50 mil. Kč, která bude uvolňována v závislosti na aktuální potřebě financování konkrétních projektů EU. Vzhledem k tomu, že kraje ani obce na tyto projekty nedostaly žádné finanční prostředky, bylo nutno postavit výdajovou stránku rozpočtu tak, aby v případě nastalé skutečnosti byl kraj schopen reagovat v přiměřeném časovém intervalu. Jednou ze zásad návrhu rozpočtu Plzeňského kraje je nezadlužování kraje z titulu profinancování projektů EU.
- Udržet minimálně na stávající úrovni vyhlašované programy finančních podpor. V některých oblastech došlo dokonce ke zvýšení objemu prostředků. Na památkovou péči byly přidány 4 mil. Kč. Na program podpory víceúčelových hřišť byl přidán 1 mil. Kč v porovnání se schváleným rozpočtem 2005, kraj v této oblasti razí strategii, že příjemcem podpory nemusí být pouze obce, ale i jiné instituce provozující a spravující sportovní zařízení.
- Promítnutí očekávané inflace a zvýšení tarifních platů do provozních výdajů příspěvkových organizací zřizovaných Plzeňským krajem.
V oblasti zdravotnictví došlo k navýšení příspěvku na provoz Zdravotnické záchranné služby Plzeňského kraje o 6,2%, převážně v důsledku nutnosti profinancovat odpisy dlouhodobého nehmotného a hmotného majetku.
Zájmem kraje je i podpora kulturních institucí, kde kraj sice neplní funkci zřizovatele, ale jejich význam je důležitý pro celý Plzeňský region a reprezentují Plzeňský kraj navenek. Jedná se především o divadlo J. K. Tyla, divadlo Alfa, Plzeňskou filharmonii a nově vzniklé Regionální technické muzeum o.p.s. Další oblastí, které kraj přikládá prioritu je věda a výzkum. Z tohoto titulu se v návrhu rozpočtu na rok 2006 objevila dotace pro ZČU na nákup speciálního přístroje a taktéž finanční prostředky směřované do akciové společnosti Vědeckotechnický park, kde je kraj podílníkem.
Novinkou v návrhu rozpočtu PK na rok 2006 je financování Kanceláře stálého zastoupení v Bruselu. Záměr zřídit tento institut byl schválen krajem v roce 2005. V současné době působí v Bruselu asi 300 regionálních zastoupení. V důsledku redukovaného rozpočtu EU dojde k zostření boje o existující finanční prostředky. Na rozdíl od minulosti bude třeba mnohem promyšleněji získávat prostředky fondů, zvláště v případě České republiky, která nepatří k nejméně rozvinutým zemím EU. Stálá kancelář Plzeňského kraje v Bruselu bude monitorovat a analyzovat informace z evropských institucí, zastupovat zájmy kraje a prezentovat jej nejen ve vztahu k evropským institucím, ale i k veřejnosti.
Rozpočet kraje ještě musí schválit Zastupitelstvo Plzeňského kraje na svém jednání 20. prosince 2005.